神志不清的原因复杂多样，其中以颅内疾病最为常见，如颅内感染、急性脑血管疾病、脑占位性病变、闭合性或开放性颅脑损伤、癫痫等，也可见于急性感染性疾病等。
一、疾病因素：
1、颅内疾病：
(1)颅内感染性疾病：常见的主要有各种脑炎、脑膜炎、脑寄生虫感染等疾病，颅内感染导致大脑皮质广泛损害，可导致不同程度的觉醒水平障碍。
(2)脑血管疾病：常见的脑血管疾病主要有脑出血、蛛网膜下腔出血、脑栓塞、动脉血栓性脑梗死、高血压脑病及颅内静脉窦血栓形成等。
(3)脑占位性疾病：常见的主要有脑肿瘤，由于肿瘤压迫脑干或其他中枢神经系统，导致神志不清的出现。
(4)闭合性颅脑损伤：常见的疾病主要有脑震荡、脑挫裂伤、外伤性颅内血肿、脑水肿、脑疝等。闭合性颅脑损伤影像学检查下可找到明显的出血灶。
(5)癫痫：癫痫大发作、小发作以及癫痫持续状态患者常出现意识障碍的表现。
2、全身性疾病：
(1)急性感染性疾病：见于脓毒血症、重症肺炎、中毒型菌痢、伤寒等严重感染引起的中毒性脑病。
(2)内分泌代谢系统疾病：如甲状腺危象、黏液性水肿性昏迷、糖尿病酮症酸中毒、高血糖高渗状态、乳酸酸中毒、低血糖性昏迷等，均会导致内分泌紊乱，进而出现神志不清的表现。
(3)水电解质平衡紊乱：如低钠血症昏迷、低氯性碱中毒、高氯性碱中毒等疾病，也会出现神志不清的表现。
二、非疾病因素：绝大多数神志不清均是由疾病因素所致，极少数患者可能与中毒、触电、中暑等非疾病因素有关。
1、中毒：如急性的一氧化碳、二氧化硫、苯等毒物中毒，急性有机磷、有机氮、有机汞等农药中毒，吗啡类、巴比妥类、颠茄类等药物中毒等，均可能会造成大脑皮质的广泛损害而出现神志不清；
2、物理性及缺氧性损害：如颅脑外伤、触电及高温中暑、高原缺氧等非疾病因素，也会出现神志不清的症状。